Das Museum wurde 2019 neugestaltet und konzipiert. Mit ausgewählten Objekten aus den mittelalterlichen Beständen des Salzburg Museum und raumgreifenden Medieninstallationen liefert das Festungsmuseum Einblicke in die Geschichte und Funktion der Festung sowie die Entwicklung der Burg. Der Rundgang durch insgesamt 13 Räume gestaltet sich als eine Abfolge von Themen. Sie vermitteln verschiedene Aspekte des Mittelalters und beleuchten Personen und Ereignisse, die Kunst, Kultur und Geschichte von Salzburg.

Die Beschriftungen im Festungsmuseum sind in Einfacher Sprache abgefasst, um möglichst vielen Besucher*innen einen barrierefreien Kunstgenuss zu ermöglichen.