In den Anfangsjahren des Museums lagen die grafischen Werke – vorwiegend Veduten – in Mappen in der Bibliothek auf, wo sie von Besucher*innen durchgeblättert werden konnten. Erst seit der Wiedereröffnung des Museums 1967 gibt es ein eigenes Depot mit einem systematisch erfassten Fundus. Nach dem Vorbild der Albertina wurden die Bestände durch Franz Fuhrmann und Otto Kunz neu geordnet. Seit damals hat sich sowohl der Bestand als auch die Raumkubatur vervielfacht. 1983 wurden die Bestände aus dem Verantwortungsbereich der Bibliothek ausgegliedert und mit einem eigenen Kustodiat ausgestattet.